InDesign CCでは以前のCS2〜CS6と同じUTF-8の文字コードを使用しています。このUTF-8の文字コードであることを示すBOM (Byte Order Mark) が付加されているのがベストです。これは付属のExtend Script Toolkit CCを使えば気にする必要はありません。
InDesign CSのJavaScriptの拡張子は.jsでしたがCS2以降からAdobeソフト間でJavaScriptの拡張子が統一され.jsxになっています。InDesign CCも拡張子は.jsxにしておきます。これもExtend Script Toolkit CCを使えば気にする必要はありません。