remove()

説明

swatchオブジェクト（スウォッチ）を削除します。戻り値はありません。削除できないスウォッチの場合、エラーになります。なお、パラメーターには削除後に置き換えるスウォッチを指定できます。（CS6では正しく処理されないようです。このため、remove()とした場合と同じ結果になります）

var s=app.activeDocument.swatches;
s[5].remove();
s[4].remove(s[7]);